設置の基本。
ちょっとわかりづらかったのでまとめてみる。

アイテムテンプレート内：

<%category%> → <%MultipleCategories%> に置き換え
<%itemlink%> → <%MultipleCategories(itemlink)%> に置き換え

※<%itemlink%>は、CustomURL等のURL修飾プラグインを使ってるときはそれを使う

スキン内のアイテム表示系：

<%blog(template)%>
<%item(template)%>
<%archive(template)%> 
→ <%MultipleCategories(template)%> に置き換え

スキン内のリスト表示系＆リンク：

<%categorylist%>
<%archivelist%>
<%archivelink%> 
→ <%MultipleCategories(1, ※)%> に置き換え
※はcategorylist等それぞれに当てはめ

カテゴリーリストをdefaultスキンにあわせる（プラグインオプションのテンプレート）

カテゴリー：

ヘッダー：<dd><a href="<%blogurl%>">全てのカテゴリー</a></dd>
リスト：<dd<%catflag%>><a href="<%catlink%>"><%catname%></a>(<%catamount%>)<%subcategorylist%></dd>
フッター：空

サブカテゴリー：

ヘッダー：<dl>
リスト：<dd<%subflag%>><a href="<%sublink%>"><%subname%></a>(<%subamount%>)</dd>
フッター：</dl>

カテゴリーを反映させないパーマリンク出力（itemlink置き換え）。 doTemplateVar内：

//if ($catid) {
if ($catid and 0) { //_hacked for simple permalink