Nucleusのシステムファイルをサブドメインに移動させてから、コメントフォームの「情報を記憶しておく」が効かなくなってた件を解決。action.php の addComment ファンクションが、「グローバル設定」のクッキー設定を参照していませんでした。これを修正すれば、コメント時に「システムを置いてるサブドメイン」のクッキーにだけ情報が保存されてしまう不具合を直せます。

action.php --- line59, 60（setcookieのところ）
$lifetime, の後に '/','',0 と続くところを、$CONF['CookiePath'], $CONF['CookieDomain'], $CONF['CookieSecure'] に書き換えてください。

一応ドメインだけでなく、パスやセキュア指定も参照させています（あ、コメントにセキュア指定は意味ないか？）。

こんなところで不具合を出す状況を作るほうがめずらしいかもしれないけど。

ちなみにこの修正をすると、クッキードメインを「.yourdomain.com」でまとめていると、すべてのサブドメインに対してコメント用の名前・アドレス情報が共有されるということになります。